Δύο βασικές μεταβολές, εκ των οποίων η μία αφορά άμεσα στα Γιάννινα, περιλαμβάνει το σχέδιο νόμου για την κατάργηση των Φορέων Διαχείρισης. Η μία από τις δύο μεταβολές λοιπόν περιλαμβάνει την άμεση κατάργηση τεσσάρων φορέων.
Ο ένας είναι της Λίμνης των Ιωαννίνων, οι αρμοδιότητες του οποίου μεταφέρονται στην Αποκεντρωμένη Διοίκηση Ηπείρου και Δυτικής Μακεδονίας.
Από τους 29 φορείς καταργούνται οι 24 και από τους πέντε που διατηρούνται κανένας δεν αφορά στην Ήπειρο.
Τα σχέδια του υπουργείου, όπως απεστάλησαν στο υπουργείο Εσωτερικών, περιέχουν αρκετά προβληματικά σημεία, όπως η δημιουργία φορέων με αρμοδιότητα εκατομμυρίων στρεμμάτων (λ.χ. φορέας Πίνδου) ή φορέων με αρμοδιότητες σε διαφορετικά νησιά (Κάρπαθος-Κρήτη).
Επιπλέον άγνωστο είναι αν η Ε.Ε. θα δεχθεί την άμεση, όπως προτείνει το υπουργείο, συγχώνευσή τους καθώς καθένας από τους φορείς χρηματοδοτείται κατά 95% από κοινοτικά περιβαλλοντικά προγράμματα.
