Η πρώτη φάση των εργασιών συντήρησης στον Άγιο Νικόλαου Μεσοποτάμου, κοντά στους Αγίους Σαράντα, πραγματοποιήθηκε στο πλαίσιο του Μνημονίου Συνεργασίας που είχε υπογράψει το Ευρωπαϊκό Κέντρο Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Μνημείων με το Υπουργείο Πολιτισμού της Αλβανίας.
Όπως έγινε γνωστό από το Υπουργείο Πολιτισμού πραγματοποιήθηκαν διερευνητικές τομές στο σύνολο των επιφανειών του ναού μέχρι τη στάθμη των 8 μέτρων, εκτεταμένες επεμβάσεις καθαίρεσης των μεταγενέστερων επιχρισμάτων και ασβεστοχρισμάτων, καθώς και εργασίες οριοθέτησης, στερέωσης και επιφανειακής αφαλάτωσης.
Επιπλέον, εφαρμόστηκαν μη καταστρεπτικές απεικονιστικές και φασματοσκοπικές μέθοδοι διάγνωσης και τεκμηρίωσης για τον προσδιορισμό της φύσης των χρωστικών των διαφόρων φάσεων τοιχογράφησης, με ιδιαίτερα ενδιαφέροντα αποτελέσματα.
Ενδιαφέρον στοιχείο αποτέλεσε το γεγονός ότι από τις εργασίες διερεύνησης αποκαλύφθηκε τοιχογραφικός διάκοσμος σε αρκετά μεγάλη έκταση, ιδίως στα δυτικά και νότια τμήματα του ναού, ο οποίος μέχρι πρότινος δεν ήταν ορατός.
Όλες οι εργασίες πραγματοποιήθηκαν σύμφωνα με τη μελέτη συντήρησης των τοιχογραφιών και των διακοσμητικών στοιχείων του ναού, η οποία εκπονήθηκε για λογαριασμό του ΕΚΒΜΜ από τη Διεύθυνση Συντήρησης Αρχαίων και Νεωτέρων Μνημείων του Υπουργείου Πολιτισμού και εγκρίθηκε από το Υπουργείο Πολιτισμού της Αλβανίας. Οι εργασίες συντήρησης των τοιχογραφιών προγραμματίζεται να συνεχιστούν εντός του έτους του 2025. Σε όλα τα στάδια οργάνωσης και σχεδιασμού του έργου υπήρξε εξαιρετική η συνεργασία των ελληνικών υπηρεσιών με το Ινστιτούτο Μνημείων της Αλβανίας.
