Εκπληκτικά αποτελέσματα, με τον εντοπισμό των πρώτων κατοίκων του Μεγανησίου, που δεν ήταν άλλοι από Νεάντερταλ, (ένα προγονικό είδος του ανθρώπου) έχουν ήδη δώσει παλαιοντολογικές έρευνες, που περιλαμβάνονται σε ένα σημαντικό πρόγραμμα που διενεργήθηκε τα δύο τελευταία χρόνια στο νησιωτικό σύμπλεγμα του Μεγανησίου, από το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης, σε συνεργασία με την 36η Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων.
Πριν από 100.000 χρόνια, σε μια περίοδο που οι αρχαιολόγοι ονομάζουν Μέση Παλαιολιθική εποχή, άνθρωποι του Νεάντερταλ τριγυρνούσαν στις περιοχές του Ιονίου Πελάγους, όταν γεωγραφικό ανάγλυφο, κλίμα και βλάστηση ήταν πολύ διαφορετικά από τα σημερινά.
Στη μοναδικότητα του προϊστορικού αυτού τοπίου καθοριστικό παράγοντα έπαιξαν και οι μεταβολές της στάθμης της θάλασσας, που προκαλούσαν εναλλάξ την ένωση ή την απομόνωση των νησιών από τις στεριές της Λευκάδας και της Αιτωλοακαρνανίας, οι οποίες απείχαν ελάχιστα από τα νησιά. Το αποτέλεσμα ήταν η επικοινωνία των οργανισμών, από τη χέρσο στα νησιά, άλλοτε να είναι εφικτή και άλλοτε όχι.
Τα αρχαιολογικά ευρήματα στην περιοχή του Μεγανησίου μαρτυρούν την παρουσία ανθρώπων ήδη από τη Μεσολιθική Εποχή και με μικρές ασυνέχειες ενδιάμεσα καλύπτουν αρκετές χιλιετίες από τη Νεολιθική Εποχή, μέχρι τους ύστερους ρωμαϊκούς χρόνους.
Ο ολιστικός χαρακτήρας της έρευνας εντοπίζεται στο γεγονός ότι δεν επικεντρώθηκε μόνο στα παλαιοντολογικά και αρχαιολογικά δεδομένα, αλλά και σε άλλους επιστημονικούς τομείς, όπως η ιστορία, η γεωφυσική και η ανθρωπολογία, που σπάνια συνδυάζονται στην Ελλάδα.
